En principe, le contribuable doit être informé par avance (à l'aide d'un avis de vérification) de la date du début des opérations de contrôle. Le vérificateur peut toutefois effectuer des interventions inopinées pour une première phase de vérification limitée à des opérations de constatations matérielles.

La procédure n'est pas limités dans le temps mais sous peine de nullité de l'imposition, la vérification ne peut s'étendre sur une durée supérieure à trois mois pour les contribuables dont le montant hors taxes du chiffre d'affaires ou des recettes brutes n'excède pas la limite d'admission au régime simplifié d'imposition (777 000 € ; pour les entreprises de vente de marchandises, 234 000 €; pour les entreprises de services et 350 000 €; pour les entreprises agricoles).

Les entreprises doivent présenter, à la demande des vérificateurs, tous les documents comptables.

Le défaut de présentation de la comptabilité ou des documents en tenant lieu est constaté par procès-verbal. Il entraîne un changement de la charge de la preuve en cas de contentieux.

Le rejet de la comptabilité est possible dans deux cas :

- lorsque la comptabilité est irrégulière (erreurs, omissions ou inexactitudes graves et répétées, absence de pièces justificatives, non-présentation de comptabilité ou des documents comptables) ;

- lorsque, la comptabilité étant apparemment régulière, le vérificateur a néanmoins des raisons sérieuses d'en contester la sincérité.

En cas de rejet de la comptabilité, le vérificateur détermine les bases d'imposition à l'aide de tous les éléments dont il dispose. Il peut, notamment, reconstituer le montant des recettes dissimulées en appliquant un coefficient de bénéfice brut sur achats au prix de revient des marchandises vendues. Il peut également, lorsqu'il a constaté un enrichissement inexpliqué de l'exploitant ou des associés, se fonder sur cet enrichissement pour reconstituer le chiffre d'affaires ou le bénéfice de l'entreprise ou de la société.

En pratique, le rejet de comptabilité est particulièrement gênant pour le contribuable car cela permet souvent à l'administration d'opérer des rappels très sévères.

Le contribuable doit avoir la possibilité d'un débat oral et contradictoire avec le vérificateur. En pratique, il est souvent réduit si le contribuable ne prend pas l'initiative de poser des questions pour anticiper les rappels.

La vérification de comptabilité commence par la réception de l'avis de vérification avec la date du premier rendez-vous.

A l'occasion de ce premier rendez-vous, le vérificateur interroge le chef d'entreprise sur sa situation générale puis il fixe le planning de ses jours de contrôle avec les documents qu'il souhaite consulter.

Puis, à l'occasion des rendez-vous suivants, le vérificateur examine les documents comptables et les déclarations. Il peut faire des copies et poser des questions.

Lors du dernier rendez-vous se déroule la réunion de synthèse où le vérificateur indique quels sont éventuellement les principaux rappels qu'il envisage.