L'article 244 quater B du CGI donne une liste limitative des dépenses éligibles au crédit d'impôt recherche qui comprennent, pour l'essentiel, les dépenses de personnel afférentes aux chercheurs et techniciens.

Le crédit d'impôt est déterminé par année civile sans tenir compte de la date de clôture des exercices et leur durée.

Le montant du crédit d'impôt recherche est de 30 % pour un montant de dépenses de recherche inférieur ou égal à 100 millions d'euros et de 5 % pour la fraction de dépenses supérieure à ce seuil.

Par ailleurs, le taux de 30 % est porté à 50 % et à 40 % au titre respectivement de la première et de la deuxième année qui suivent l'expiration d'une période de cinq années consécutives au titre desquelles l'entreprise n'a pas bénéficié du CIR. Toutefois, pour bénéficier de ces taux majorés, l'entreprise ne doit pas avoir de lien de dépendance au sens de l'article 39-12 du CGI avec une autre entreprise ayant bénéficié du crédit d'impôt recherche au cours de la même période de cinq années.

Depuis le 1er janvier 2008, le crédit d'impôt recherche n'est plus plafonné. En revanche les entreprises du secteur textile-habillement- cuir doivent continuer à respecter le plafond "de minimis" des aides fixées au niveau communautaire.

Le crédit d'impôt recherche vient en déduction de l'impôt sur le revenu ou de l'impôt sur les sociétés dû par l'entreprise au titre de l'année au cours de laquelle des dépenses de recherche sont engagées, après prise en compte des prélèvements non libératoires et autres crédits d'impôt.

L'imputation se fait au moment du paiement du solde de l'impôt.

Le crédit excédentaire non imputé constitue une créance sur l'Etat immédiatement remboursable par dérogation à la règle en vertu de laquelle le remboursement n'intervient qu'à l'expiration d'une période de trois années suivant celle au titre de laquelle la créance est constatée et à condition qu'il n'y ait pas pu y avoir d'imputation sur ces trois exercices.

Depuis le 2 janvier 2009 toutes les entreprises peuvent obtenir la restitution anticipée de leurs créances de crédit d'impôt recherche non utilisées relatives aux crédits d'impôt calculés au titre des dépenses engagées entre 2005 et 2008.

L'entreprise doit déposer une déclaration spéciale n°2069-A entièrement remplie pour obtenir le remboursement de sa créance de crédit d'impôt. Cette déclaration doit être déposée en même temps que la liasse fiscale.

Les points clés

Attention le crédit d'impôt recherche fait l'objet de nombreux contrôles des services fiscaux.

Il y a deux risques principaux de rappel.

D'abord, l'administration cherche en général à contester le temps passé par les salariés de l'entreprise sur les programmes de recherches lorsque ces salariés n'y sont pas affectés à temps plein.

Il faut impérativement demander à ces salariés de remplir des feuilles de temps qui détaillent les temps passés en fonctions des programmes de recherche.

Ensuite, l'administration cherche à contester le caractère innovant des efforts de recherche.

En pratique, pour réduire les risques de rappel, il faut constituer préalablement un dossier justificatif, avec une fiche par projet, décrivant notamment les objectifs de recherche dépassant l'état de l'art.

Idéalement, il faut pouvoir produire un "carnet de recherche" détaillant tous les travaux réalisés et leurs résultats.

Il est judicieux de faire appel à un avocat pour constituer le dossier justificatif, en évitant les officines qui se rémunèrent au pourcentage du crédit obtenu et qui ont naturellement tendance à gonfler artificiellement le crédit d'impôt, ce qui fait courir un risque élevé de rappel aux entreprises clientes.

Il peut être prudent de demander un agrément préalable au ministère de la recherche. Toutefois, un tel agrément n'est pas toujours possible, faute de temps, ou pour des motifs de confidentialité.

En cas de contrôle, il faut, là encore, faire appel à un avocat spécialisé en droit fiscal, habitué à ce type de procédure.